Никольская церковь находилась при манеже, здание которого было построено в 1841 году по проекту, разработанному в военном ведомстве. С постройкой манежа завершилось формирование архитектурного ансамбля юго-западной части кремля. В 1860-е годы здание было передано Нижегородской военной гимназии, затем переименованной в Аракчеевский кадетский корпус.

В 1885 году к середине восточного фасада манежа была пристроена Никольская церковь с двумя колокольнями. Проект был выполнен архитектором Шапошниковым. В 1901–1904 годах в манеже по инициативе писателя Максима Горького устраивались знаменитые новогодние елки для «самых обездоленных» детей.

В 1929 году здание было переоборудовано под трамвайное депо. Звонница была разобрана, со стороны алтарной части храма пристроен двухэтажный корпус. Был полностью утрачен архитектурный декор интерьеров. В 1969 году здесь разместили гараж и склады.

В 2018 году здание Никольской церкви при манеже было передано Нижегородской епархии, и 2 июня впервые за 100 лет в нем был совершен первый молебен. Ровно через год, 2 июня 2019 года, там состоялась первая за прошедшее столетие Божественная литургия. 16 января 2020 года митрополитом Георгием были освящены купола и кресты Никольского храма. 31 декабря 2020 года состоялось Великое освящение храма.